Selepas Perang Teluk, Amerika Syarikat menghadapi serangan pengeboman di kompleks Al-Khobar di Iraq pada tahun 1992 semasa Operasi Southern Watch Tentera AS menculik pemimpin organisasi yang disyaki dan membawanya ke Amerika Syarikat untuk siasatan rahsia. Ejen FBI Anthony Hubbard (lakonan Denzel Washington) dan rakannya yang berbahasa Arab Frank (lakonan Tony Shalhoub) bertanggungjawab menyiasat serangan pengganas pengeboman berani mati ke atas bas New York Mereka menerima mesej misteri "Biarkan mereka pergi" semasa penyiasatan. Ejen CIA Elise (Annette Bening) menegaskan bahawa Samir (Sami Bouajila), seorang Arab yang memohon visa pelajar bagi pengganas untuk memasuki Amerika Syarikat, adalah pemberi maklumat pentingnya, tetapi enggan mendedahkan maklumat lain. Ketika serangan pengganas semakin memuncak, Jeneral William Devereaux (dilakonkan oleh Bruce Willis), atas nama presiden, memasuki New York untuk mengenakan kawalan ketenteraan ke atas Brooklyn dan memenjarakan semua anak muda Arab sementara menunggu perbicaraan. Pelanggaran hak asasi manusia dan demokrasi oleh tentera telah menimbulkan kemarahan yang kuat di kalangan warga New York Demonstrasi dan ancaman gelombang aktiviti pengganas seterusnya telah meletakkan semua orang dalam dilema...