Semasa zaman Keshogunan Tokugawa, bosan dengan pembunuhan yang tidak berkesudahan, ninja Kamui yang menyokong kebebasan Iga (lakonan Matsuyama Matsuyama) memilih untuk melarikan diri Akibatnya, dia terus diburu oleh bekas rakan-rakannya. Suatu hari, semasa mengelak daripada mengejar Mizutani Gunbei (lakonan Sato Hiroshi), tuan kepada Matsuyama, Kamui bertemu dengan nelayan Hanbei (lakonan Kobayashi Kaoru) yang memotong kaki kuda tuan, dan kemudian kembali ke Pulau Shindo. Isteri Hanbei, Sayaka (lakonan Koyuki) juga seorang ninja yang melarikan diri, dan kedatangan Kamui membuatnya berwaspada. Tidak lama kemudian, Hanbei dikecam oleh jirannya dan ditangkap oleh tuan untuk dihukum bunuh. Kamui dan Sayaka bekerjasama untuk memecah masuk ke kawasan hukuman mati untuk menyelamatkan Hanbei. Tindakan ini turut menarik perhatian para ninja Iga yang telah menjejaki keberadaan mereka, dan pertempuran yang menentukan tidak dapat dielakkan... Filem ini diadaptasi daripada bahagian kedua karya asal dengan nama yang sama oleh kartunis Jepun Sanpei Shiraito.