Joe (Joaquin Phoenix) mempunyai masa lalu yang sangat tragis Bapanya seorang gila ganas yang selalu menumbuk Joe dan ibunya (Judith Roberts) tanpa sebab. Hari ini, Joe dan ibunya menjalani kehidupan bergantung selepas menyertai tentera, dia menjadi ejen FBI dan kemudian mula bekerja sebagai "Agen" John (lakonan John Doman) Menjaga semua aspek kerja Joe. Suatu hari, seorang senator negeri menemui Joe dan berharap dia dapat menyelamatkan anak perempuannya Nina (Ekaterina Samsonov). Pada mulanya, Joe hanya menganggapnya sebagai tugas biasa, tetapi lama-kelamaan, Joe secara beransur-ansur menemui sesuatu yang mencurigakan di dalamnya dan mula meragui motif sebenar senator negeri itu.